Se fundó en el año 1.944 de manos de una veintena de socios. Pero no inició su actividad hasta el año 1.959, formada ya por 69 socios y realizando su actividad en una fábrica en arrendamiento. Un año más tarde adquiere en propiedad una antigua fábrica del siglo XIX situada en la calle Los Molinos, donde aún hoy realiza su actividad.
A medida que pasan los años, el sistema de extracción se va modernizando, el número de socios incrementando y las instalaciones creciendo. Hoy son más de 800 socios los que la forman.
Las instalaciones actuales ocupan una superficie de 38.000 metros cuadrados aprox. y están compuestas de sistema de recepción que incluye limpiadoras, lavadoras y pesadoras automáticas con una capacidad de limpieza de 180.000 kilos a la hora, con sistema de separación vuelo de suelo.
La actividad principal de la cooperativa es la elaboración y envasado de aceite de oliva, con una molturación media de 18.000.000 de kilos de aceituna, que producen 3.500.000 kilos de aceite aprox., los cuales se comercializan directamente y bajo el control de calidad del Consejo Regulador de la D.O. Aceites Baena en la que está integrada.
Las aceitunas que se molturan en Olivarera San Isidro S.C.A. vienen de los olivares de la comarca del Guadajoz y campiña este de la provincia de Córdoba.
Entramado de olivos centenarios y nuevas plantaciones, variedades diversas, picual, picudo, hojiblanco, chorruo, arbequino, etc. que da a nuestro aceite un estilo único.